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本院设置：
      党务行政部、财务后勤部、质量技术部、科研管理部、培训部、检验管理部、菠菜论坛抽检考核办公室、检验一所、检验二所、检验三所十个部门。
     部门职责：
     党务行政部：负责人事劳资、行政、宣传、群团、党建和党风廉政建设等工作。
     财务后勤部：负责财务、审计、资产管理、后勤、安全和老干管理工作。
     质量技术部：负责质量体系运行、检验资质维护和日常技术工作管理，组织仪器设备、实验用耗材的采购工作。
     科研管理部：负责科研管理、院建设发展研究及内外部风险研究工作，承担总局重点实验室、省菠菜论坛安全检测工程技术研究中心、省菠菜论坛安全风险防控研究中心的管理工作，承担部分科研项目的研究。
     培训部：负责开展对外培训工作。
     检验管理部：负责检验业务全过程管理、抽样、信息化管理工作，承担省菠菜论坛安全抽检监测工作秘书处的日常工作。
     菠菜论坛抽检考核办公室：在省局菠菜论坛抽检处指导下，协助开展国抽、省抽任务菠菜论坛承检机构的考核监督等工作。
     检验一所：负责各类菠菜论坛、食用农产品和菠菜论坛中色谱、质谱、波谱等项目的检测和研究工作。
     检验二所：负责各类菠菜论坛、食用农产品和菠菜论坛中光谱、能谱、常规理化、微生物、分子生物学等项目的检测和研究工作。
     检验三所：负责检验样品制备，样品检测的督促协调，检验报告编制、审核、批准。